2020—2021年安徽省急性胃肠炎疫情中GI组诺如病毒基因型多样性分析

作者:史永林;傅荔艳;金晶;葛盈露;王鹏;程鹏;张文艳;孙永;
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目的研究安徽省急性胃肠炎中诺沃克病毒GI组的基因型分布和进化特征。方法从2020年5月至2021 4月,收集聚集性急性胃肠炎患者的诺沃克病毒核酸阳性肛门拭子样本。采用荧光定量PCR方法检测诺沃克病毒GI和GII的基因组。用RT-PCR扩增GI组VP 1区的RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)和部分基因片段并测序。使用诺如病毒在线分型工具进行基因型鉴定,mega 6。0软件被用来构建RdRp和VP 1区的系统发育树。结果在45起疫情的142份诺如病毒核酸阳性样本中,检出23份为GI阳性,占19%(23/142),119份为GII阳性,占81%(119/142)。20份GI阳性标本PCR产物测序成功。获得的20个诺如病毒RdRp VP1区株序列有6个亚型,包括2株GI。1【P1】,2株GI。3株【P10】,5株GI3【P13】,2株GI。4株【P4】,7株GI。5株【P4】,2株GI。6[第11页]。系统发育树显示,安徽的GI菌株。1【P1】与韩国株(mz021974)和法国菌株(mk956173)属于同一进化分支。安徽的GI菌株。3【P10】和GI。3【P13】属于中国台湾毒株(mn922742),四川毒株(mw255366)和韩国株毒株(mz022026),进化距离较近。安徽的GI菌株。4【P4】和GI。5【P4】与2019年的湖南菌株(mn938461)和2021的广东菌株(ok562729)处于进化分支中。安徽的GI菌株。6【P11】是一个独立的进化集群,与陕西株(mw243609)和日本株(lc646339)进化距离较近。结论安徽省急性胃肠炎GI组诺如病毒基因型分布多样。有必要对感染性的腹泻进行分子溯源监测。